Engagé en 1997, il suit les cours de l’Ecole nationale des sous-officiers d’active (ENSOA) de Saint-Maixent. Nommé sergent, il est affecté au 2e Régiment d’Infanterie de Marine (RIMa) après être passé l’Ecole d’application de l’Infanterie de Montpellier et prend part à plusieurs opérations extérieures en qualité de chef de groupe.
En 2002, il est admis à l’Ecole militaire interarmes (EMIA). Trois ans plus tard, devenu officier, il choisit l’arme du Génie et il est affecté au 2e Régiment Etranger du Génie (2e REG). Promu capitaine le 1er août 2008, il prend le commandement de la 3e compagnie de combat mécanisée en juin 2010, avant de partir en Afghanistan en novembre 2010.
Le 17 décembre 2010, au cours d’une mission de reconnaissance en vue de construire un poste pour le compte de l’armée nationale afghane, un accrochage se produit avec les insurgés. Le capitaine Dupin, en qualité de commandant de la compagnie de génie du GTIA Kapisa, fait partie, avec deux autres Français, du détachement composé d'une cinquantaine de soldats français, américains, roumains et afghans qui préparent l'établissement d'un poste de sécurité afghan. Les éléments de protection ripostent à l'attaque avec des tirs de mortiers et un appui aérien.
La force de réaction rapide du GTIA (groupement tactique interarmes) Kapisa intervient et provoque des pertes chez les assaillants, qui sont contraints à se replier. Le capitaine Dupin est mortellement blessé au cours de l'engagement. Il était âgé de 34 ans.
Le capitaine Benoît Dupin, mort pour la France, a effectué de nombreuses opérations extérieures au cours de sa carrière (Bosnie, Kosovo, Djibouti, Tchad). Sa biographie diffusée par l'état-major de l'armée de terre le dépeint comme un officier rigoureux : "Pugnace, le capitaine Benoît Dupin est un officier pointilleux et méthodique. Ne laissant aucune place à l'improvisation, il prépare remarquablement son unité tout au long de la mise en condition opérationnelle avant son départ en opération extérieure."
Officier exemplaire de par ses qualités morales, il était marié et père d’un jeune enfant.